Como regresar a la configuración por defecto de Ubuntu/Gnome,sin re-instalar

rm -rf .gnome .gnome2 .gconf .gconfd .metacity

Simple verdad.
Lo que hacemos al ejecutar este comando desde el directorio home del usuario en un terminal es borrar (rm) los directorios ocultos de configuración de Gnome (.gnome .gnome2 .gconf .gconfd .metacity). Y las opciones (-rf) indican borrar en forma recursiva y forzada.

Fuente: Rm-rf/